根管消毒劑常用的根管消毒藥包括酚類、醛類、碘制劑、氯制劑和抗生素類。感染根管經過機械方法處理后，其根臂側壁牙本質深部，側支根管和根尖周圍等處，仍然有細菌等病原刺激物，用此類藥物進行根管消毒，可提供一個不適于細菌生長的根管環境。
理想的根管消毒藥應是能快速地消除和破壞根管內的細菌．不易產生耐藥性，對多種細菌有效；能中和或破壞根管內的毒性物質；能在血液、漿液、膿液或其他有機物中保持有效濃度，藥效維持時間長，對活體組織無毒性作用，不危害宿主組織的生理功能．能有效地滲透到根管、牙本質小管、側支根管內和根尖周組織．不刺激根尖周組織；較穩定，便于貯存；不著色牙齒；不干擾細菌的培養過程。
目前沒有一種根管消毒藥能完全符合上述所有條件，幾乎均具有原生質毒，即引起活細胞結構破壞或功能損傷，這種毒性對宿主細胞和細菌細胞是非選擇性的，如果使用不當，可能造成嚴重的根尖周組織損傷，影響愈合。
甲醛甲酚溶液中甲醛具有凝固蛋白的作用，滲透性強，作用緩慢，可與腐敗蛋白質的各種中間產物和最終產物結合成無毒物質；甲酚具有鎮痛、腐蝕作用，可與腐敗脂肪的產物結合成肥皂，具有除臭和殺菌的作用；甲醛甲酚( FC)較兩者單獨使用時的滲透性強、作用更強
樟腦氯酚薄荷合劑中對位氯酚有氯和酚的殺菌作用，但刺激性較大，加入樟腦研磨，即成液體，刺激性較小，而且應用也較方便；薄荷腦除有鎮痛作用外，又可使樟腦氯酚不致沉淀，并使此合劑有一定黏稠度；樟腦氯酚薄荷的殺菌力強，不凝固蛋白質，對根尖周組織有輕度刺激；對位氯酚的不同濃度具有不同的抗菌效果和毒性，1%濃度對根管內常見的微生物有抗菌效果，只有極輕度的炎癥反應，而一般牙髓治療所用的35%濃度，毒性較強．可致結締組織壞死．2%的對位氯酚水溶液滲入牙本質小管的深度比樟腦氯酚合劑大5倍。
氯胺T與水作用生成次氯酸，放出活性氯而殺菌。由于釋放氯的速度緩慢，故作用持久。大量有機物存在時，藥效不受影響。堿性條件下，殺菌力下降。
木餾油是一種酚和酚類衍生物的混合物，從木焦油分餾所得，主要含愈創木酚( Guaiacol，60%～90%)。在牙科使用，最初主要用于牙髓失活，由于它的消毒力比酚強2～3倍、比甲醛甲酚差，但刺激作用比甲醛甲酚小．并有鎮痛作用，近來有人用其治療急性冠周炎，療效顯著。
丁香油（酚）是酚類的衍生物，是丁香油的主要成分．含量在80%以上，藥用品均為人工合成。丁香油（酚）具有酚類藥物的作用特點，有輕度的抗菌防腐作用，也具有原生質毒作用．引起細胞蛋白沉淀。它也是一種鎮痛劑。
碘化鋅溶液、復方碘液均具有消毒作用。
