牙齒酸痛或牙根損傷
植入種植釘前，通常使用浸潤麻醉，而且麻醉劑劑量較小，因此對牙周膜的麻醉效果不明顯。控制麻藥劑量的目的之一就是考慮到種植釘植入過程中，如果種植釘與牙根近距離靠近甚至接觸牙根，患者是有明顯牙根酸痛感，可以反饋給操作醫生。因此在植入前建議告知患者，如果感到牙根酸痛及時告知醫生，而且牙根酸痛的感覺是特異性較強的痛覺，患者很容易區分其與其他不適。
如果在種植釘植入初始階段，患者反饋牙根酸痛，操作者要考慮更換植入部位或者植入角度。如果植入深度已經超過2/3，可以輕微調整角度以后緩慢進入，并根據患者的敏感程度酌情考慮進入深度，因為最開始的牙根酸痛并不意味著種植釘接觸牙根，而是種植釘距離牙周膜比較靠近，而且最新研究也充分支持種植釘與牙根的輕微接觸并不會造成牙根明顯的永久性損傷。患者的輕微酸痛感也會在兩天左右逐漸消失。如果確定植入碰到患者牙根，則需要取出微種植釘，換個部位重新植入。
種植釘周圍炎
種植釘植入后，建議醫生叮囑患者仔細清潔種植釘周圍。大部分患者在種植釘植入后因為軟組織創傷后疼痛，會盡量避免觸碰種植釘植入區域，這樣會引發種植釘周圍炎甚至周圍軟組織感染腫脹，最后甚至導致種植釘脫落。種植釘周圍炎的另一易感因素是種植部位過于接觸疏松的牙槽粘膜，因此在膜齦聯合位置比較靠近合方的患者尤其要注意這種情況的發生。
種植釘進入鼻腔或上頜竇
腭中縫附近或者上頜后牙段、顴牙槽嵴部位的種植釘植入，種植釘尖端有可能進入鼻腔或上頜竇。因為鼻腔是開放性腔體，因此要盡量避免種植釘穿通鼻腔，在選擇腭中縫附近種植釘植入時，要選擇長度較短的種植釘。而且在植入過程中，植入阻力也是一個判斷指標，當進入腭部骨質后，阻力會稍有減小，但隨著逐漸進入，會感到植入阻力突然增加，這是由于種植釘尖端開始進入鼻底骨質，此時要控制種植釘植入深度，并建議植入后加拍CBCT觀察種植釘植入情況。
上頜竇為閉合性腔體，如果植入種植釘前患者沒有上頜竇炎癥，種植釘少量進入上頜竇并不會產生明顯癥狀，而且種植釘穿過上頜竇底后，上頜竇黏膜任然有可能完整，因此種植釘進入上頜竇并不是臨床醫生擔心的問題。
種植釘松動脫落
各種原因導致的種植釘松動脫落都是有可能發生的，因此在植入前，臨床醫生需要和患者做好溝通，告知種植釘脫落的可能。如果發生這種情況，建議將種植釘取出進行消毒處理，如果仍然需要種植釘加強支抗，建議更換植入部位，不建議在同一部位強行更改角度再植入，這樣往往會導致種植釘重新陷入原植入通道而造成原植入區域的進一步骨質破壞。如果任然需要在原部位植入，建議骨質愈合三個月之后更換角度植入。
種植釘折斷
相比以上幾種并發癥，種植釘折斷是臨床醫生最不希望遇到的并發癥。種植釘植入后螺紋與骨質處于緊密嵌合狀態，因此取出過程會比較辛苦。如果斷端在黏膜外，可以嘗試使用末端夾持鉗強行反方向旋出，但是操作難度任然比較大。最簡單直接的方法是尋求牙槽外科醫生的幫助，按照斷根的處理流程將種植釘取出。
大致流程如下：黏膜切開暴露植入部位周圍骨質—高速渦輪去除種植釘周圍一圈皮質骨—根尖挺楔入種植釘周圍，可輕輕撬動或敲榔頭將根尖挺進一步楔入—挺松種植釘—降斷端取出。
如果臨床醫生發生種植釘折斷的情況，一定要先告知患者，盡量采取最快捷最穩妥的方式進行處理，因為長時間的取斷釘對患者是一種煎熬。
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