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口腔診所的消毒室一般應設置在治療區的中央，便于各個治療區域的人員就近取物。口腔診所消毒室必須分污染區、清潔區、無菌區、區域間標志明確，區域間應有實際屏障，路線及人流、物流由污到潔，不得逆行。裝修時墻壁、地面等應使用光滑、耐清洗的材料，光線明亮，安裝有紫外線燈或臭氧發生器等空氣消毒裝置。

消毒供應室的工作應為4個部分：即滅菌前清洗、干燥、分類、檢查及包裝，滅菌，儲存，發送。儲柜最好為光滑無縫的材料，如不銹鋼、樹脂、特質樹脂等制成。表面需備有光滑的、透明的門。上面的架子及抽屜應能卸下消毒。儲水池應有相應的溢水排水孔，并有足夠的深度，以利浸泡器械及擦洗盤子。全自動水龍頭與給皂器可預防病人之間的交叉污染。圓弧形墻角則可讓手術區地板更易于清理。墻壁與底邊的連接處采用弧線設計，這是為了減少消毒死角。

消毒供應室的儲柜最好是分為兩個均等的獨立的儲層，以便儲放消毒及污染的物品。

（1）污染區：污染區應設在靠近進口去，安裝有洗滌用的自來水和下水道，并有足夠大的位置放置清洗前的浸泡桶、污物箱和超聲波清洗機等，如果使用一次性醫療器械的單位還應設有存放使用后器械的部位，浸泡桶和污物箱必須使用耐腐蝕和具有一定強度的材料如塑料制成，浸泡液為1：1000的高效復方氯制劑，時間為30分鐘。

（2）清潔區：清潔區域的臺面上應有足夠的地方放置一些主要的消毒設備。如封口機、高壓消毒爐、干烤箱等，設備按操作次序一次安放。

（3）無菌區：無菌區必須與前兩個區域完全隔開，區域內放置經清潔區消毒完成的物品，與治療區之間設有一個傳遞窗，醫務人員取物時必須通過這個窗口進行傳遞，防止消毒后物品逆向進入污染區。此區域內的儲物低柜底層離開地面不少于30cm。