傳統根管消毒藥物如甲醛甲酚、樟腦酚等有較強的細胞毒性，對根尖周組織有刺激性，并有可能成為致敏源使機體致敏。
通過研究氫氧化鈣和甲醛甲酚根管封藥效果表明 ：氫氧化鈣組67.7%一次封藥后即可行根管充填，甲醛甲酚組為40%。氫氧化鈣組治療期間未產生疼痛，甲醛甲酚組有8.3%疼痛。平均封藥次數氫氧化鈣組1.38次，甲醛甲酚組1.76次，細菌培養結果與此呈正相關。
Stuart等人的細菌學研究發現，氫氧化鈣對感染根管內常見致病菌的抗菌性顯著高于甲醛甲酚 。游古蓮等研究表明 ：氫氧化鈣用于感染根管治療時的根管封藥，具有良好的殺菌作用，對根管滲液、叩痛、瘺管病例的有效率明顯高于甲醛甲酚組，并且無甲醛甲酚的組織刺激性，提示氫氧化鈣是一種理想的根管消毒藥物。

近年來氫氧化鈣作為一種根管內封藥，在多種牙髓及根尖周病的治療中得以廣泛應用。氫氧化鈣具有抗菌性、滅活內毒素、牙本質壁的滲透作用、誘導硬組織形成等特性。

它在殺滅微生物和減輕兩次約診間的癥狀以及減低對根尖組織的毒性等方面表現出更優良的效果。氫氧化鈣具有強堿性，對細菌的細胞膜和蛋白質結構產生破壞，導致對細菌的殺傷作用，能有效殺滅感染根管內的所有微生物 。

氫堿性可使蛋白質變性水解，故能溶解根管內壞死組織，有利于清潔根管。氫氧化鈣能夠中和炎癥所產生的酸性物質，從而減少根管治療期間急癥（IAE）的發生，具有收斂性，對于消除炎癥滲出及減輕疼痛有良好的效果 。
氫氧化鈣有高效抗厭氧菌作用，對某些需氧菌有抑制作用，對能引起嚴重癥狀的細菌如產黑色素類桿菌和牙齦類桿菌有高效快速的抗菌功能，對引起根管治療療程遷延的放線菌有殺菌功能 。
氫氧化鈣對根尖周組織無刺激作用，并能使根尖部吸收區出現新的牙骨質及襯以成骨細胞的新骨。氫氧化鈣抗菌效能取決于其氫氧根離子的濃度 ，氫氧化鈣通過水解細菌脂多糖的脂肪部分而游離羥基脂肪酸釋放，而細菌脂多糖在骨吸收過程中起重要作用，脂多糖是細菌細胞壁的組成部分，遺留于根管中的脂多糖微小濃度就能對宿主細胞有明顯損害 。氫氧化鈣可以通過破壞脂多糖而達到破壞細菌細胞壁，起到殺菌作用。 
操作方法：
1.把調好的氫氧化鈣粉和液適當加些碘仿調勻，放入髓腔用螺旋充填器送入根管內即可，復診時用生理鹽水沖洗即可取出。
2.氫氧化鈣粉劑+甘油調成糊劑（呈絲狀最佳)放置注射器內備用，要密封。放入髓腔用螺旋充填器，加入甘油后導入根管時比較方便，另外可以直接用棉球或棉捻鹽水濕潤后蘸一點氫氧化鈣封入根管或者髓腔。 
3.可以用氫氧化鈣干粉+生理鹽水調，要調勻，不要有過大的顆粒，別調的太稀或者過稠，這種調出來的氫氧化鈣不容易粘器械，向根管內放置比較不容易。 
至于封藥時間,一般認為幾個月都沒問題,但有資料認為因氫氧化鈣有溶解蛋白作用,在溶解細菌及其產物的同時也能溶解牙本質,這也是封藥過久容易導致根折的原因,因此封藥時間最好在幾周內,個人在臨床上的經驗是根尖周炎的封2周左右較好,其他一周左右,盡量放到根尖,在髓室里放一個干棉球無非是為了下次復診時方便去除暫封物，炎癥重的可加一些碘仿。